O tratamento varia de acordo com o tipo de cardiopatia congênita. Os medicamentos sempre fazem parte do cuidado, mas uma parte dos casos exige cirurgia ou as cada vez mais adotadas intervenções minimamente invasivas por meio de cateter, guiadas por imagem. Esses procedimentos, aliás, tornaram viável algo anteriormente impossível: o tratamento dessas doenças intraútero, ou seja, quando o bebê ainda está na barriga da mãe. O recurso é particularmente importante em alguns tipos de cardiopatias congênitas, como a estenose aórtica ou a atresia pulmonar (estreitamentos que dificultam a abertura das válvulas cardíacas para a saída de sangue do coração). São problemas graves, para os quais o tratamento ainda na fase intrauterina pode ajudar a melhorar a evolução clínica.
Após o nascimento, a cardiopatia congênita pode levar a uma situação crítica, com risco de morte da criança. Nesses casos, a intervenção por cateterismo é frequentemente adotada, por vezes até de maneira paliativa, com o intuito de reverter a emergência. O objetivo é assegurar a estabilização do quadro e o período de tempo necessário para que o bebê ganhe peso e possa ser submetido ao tratamento definitivo, que pode ser feito por meio de procedimento minimamente invasivo, cirurgia aberta ou, ainda, pela modalidade híbrida, que combina cateterismo e cirurgia.
Essas abordagens também são alternativas para o tratamento das cardiopatias congênitas que se manifestam na adolescência ou na fase adulta, mas, sempre que possível, o cateterismo costuma ser a opção preferencial em razão dos benefícios da intervenção minimamente invasiva, entre eles menos tempo de internação e maior rapidez na recuperação do paciente e retomada das atividades de rotina.