As malformações congênitas podem surgir por uma série de causas, algumas de natureza genética e outras sem associação à hereditariedade.

Cerca de 10% a 30% das malformações têm causas genéticas. Elas podem ser divididas em dois tipos de alterações: aquelas de origem cromossômica e aquelas derivadas dos genes.

Dentre as causas cromossômicas, destacam-se:

Síndrome de Down (trissomia do cromossomo 21);
Síndrome de Edwards (trissomia do cromossomo 18);
Síndrome de Patau (trissomia do cromossomo 13).

Já em relação às causas gênicas, pode-se citar:

Síndrome de Kabuki (uma doença rara);
Síndrome de Holt-Oram.

As malformações também podem se desenvolver a partir de infecções maternas, como toxoplasmose, citomegalovirose e rubéola. Além disso, o uso de medicamentos, incluindo alguns anticonvulsivantes e remédios para a tireoide, podem afetar o desenvolvimento fetal.

Da mesma forma, comorbidades maternas, como diabetes mellitus e hipotireoidismo, podem ser causadoras de malformações, especialmente se não estiverem sendo tratadas corretamente. É importante destacar que o uso do álcool durante a gestação, bem como a exposição à radiação, podem impactar diretamente o desenvolvimento do feto.