Nas sinusites crônicas, a terapia clínica, com corticóides tópicos, sistêmicos e antialérgicos, pode apresentar resposta em alguns pacientes. Porém, na maioria dos casos, a conduta cirúrgica para remoção do fator obstrutivo é a única alternativa para promover a melhora e reduzir a possibilidade de retorno da doença.

No Brasil, a sinuplastia endoscópica (menos invasiva) é a mais adotada nos grandes centros urbanos, embora em regiões menos desenvolvidas ainda seja empregada a técnica aberta.

O procedimento endoscópico é minimamente invasivo, feito com o auxílio de um endoscópio, que permite ao médico ter acesso e visualizar de forma ampliada toda a cavidade nasal para a remoção do fator obstrutivo. Dependendo do tipo de obstrução, podem também ser utilizados equipamentos de radiofrequência e de laser, evitando o uso de tampão nasal, que é necessário no pós-cirúrgico dos procedimentos tradicionais. Outro recurso é o debridador, uma cânula de aspiração com uma lâmina dentro, que facilita a remoção de pólipos.

O avanço tecnológico mais recente é a utilização de balões acoplados ao uso do endoscópio. Introduzidos na cavidade nasal com ajuda de uma guia, os balões são inflados, dilatando os óstios e facilitando a desobstrução. A técnica, denominada sinusplastia com balão, é especialmente indicada para a melhor visualização das cavidades frontais e maxilares, porém o custo elevado torna sua adoção mais restrita.

Apesar de ser feita com anestesia geral, a cirurgia endoscópica permite que a maioria dos pacientes tenha alta no mesmo dia. Mesmo quando não é possível a total remoção do fator obstrutivo, o indivíduo tem sua qualidade de vida substancialmente melhorada. No entanto, o retorno da doença pode ocorrer, principalmente nas sinusites causadas por fungos ou por novas formações de pólipos.