Os possíveis efeitos colaterais dependem da via de administração da mometasona e incluem:

Febre;
Calafrio;
Cansaço;
Náusea;
Vômito;
Dor de cabeça;
Dor de garganta;
Aumento da dor menstrual;
Dor muscular ou articular;
Inchaço ou dor nos seios da face;
Fraqueza;
Diarreia;
Azia;
Nariz entupido;
Coriza;
Irritação nasal ou sangramento;
Garganta seca;
Aparecimento de manchas brancas dolorosas na boca ou garganta;
Sensação de queimação na pele;
Coceira;
Vermelhidão ou ressecamento da pele;
Acne;
Pequenas saliências vermelhas ou erupções cutâneas ao redor da boca;
Mudanças na cor da pele.

Crianças que fazem uso da mometasona podem ter problemas no desenvolvimento físico, como um crescimento mais lento e dificuldade para ganhar peso. Por isso, durante todo o processo de tratamento, o médico deve ser consultado sobre possíveis riscos.